Lecture 2: Local Alignment (BLAST) and Statcstics

Sanger sequencing

DNA template (시퀀싱 될 DNA 주형) 

DNA 중합효소

디옥시뉴클레오시드3인산염 (dNTP) dGTP, dCTP, dAPT, dTTP

디-디옥시뉴클레오시드3인산염(ddNTP) ddGTP, ddCTP, ddATP, ddTTP

프마이머(primer)

 

DNA 합성에서는 네가지 반응이 일어난다. 각 반응에는 오직 하나의 디디옥시뉴클레오티드가 추가된다. 

 

DNA 조각은 겔 전기 영동을 사용해서 크기별로 분리된다. 

DNA 염기서열은 x-ray 필름이나 겔 이미지에서 바로 읽을 수 있다. 

 

탬플릿을 국부적으로 증폭하는 방법

작은 클러스터에서 수백개의 동일한 사본을 생성

다음 염기를 조사하기 위해서 형광을 띈 각각 뉴클레오티드를 탬플릿에 부착

 

bridge amplification -> clusters

 

시퀀스를 정렬하는 이유

-조립할 수 있다 (원하면)

-동족체를 찾는다 (homologs)

 

	1	2	3	4	5	6	7	8
	C	C	A	A	G	G	T	C
A	X
C		O
C			X
G				X
G					O
G						O
T							O
T								X

top scoring match between the query and the subject : 5, 6, 7

2번이 아닌 이유 : score for that is lower.

스코어는 전체의 점수를 합산해서 나타내는데 5 , 6 , 7은 3점이 될 수 있는데

2번은 -2와 +1을 하면 점수가 낮아진다.  

 

만약 query 가 엄청나게 길다면? 

 

Alignment types

global : used to compare to similar sized sequences.

local : used to find similar subseqences.

ends free : used to find joins/overlaps.

 

Sij 는 두 확률의 로그 승산비

ex ) 아미노산 i 와 j 는 evolutionary descent 에 의해 정렬과 무작위로 정렬될 확률

 

Reference

1. https://www.inf.ed.ac.uk/teaching/courses/bio2/lectures09/lecture5.pdf