Python programming for Bioinformatics - 연습문제 3

파이썬으로 실무에 적용 가능할 법한 bioinformatics 연습문제를 만들어서 풀어보겠습니다.

input 데이터를 사용해서 output 형태로 만들면 성공입니다.

 

 

INPUT 1 : MCP_hight1000_CVC100.txt

MCP_hight1000_CVC100.txt

0.07MB

INPUT 2 : a.txt

a.txt

10.63MB

1.문제 설명 :

 

1) INPUT1 파일에서 첫 번째 필드 값(‘_’ 를 기준으로 앞부분만을 취함)이 INPUT2 파일의 두 번째 필드 값에 있는지를 체크한다. 그리고 해당 값의 gene_symbol(7번째) 이 존재하면,  2번째 (rs_num), 7번째(gene_symbol), 8번째 (func) 필드 값을 OUTPUT 파일에 써준다.

 

OUTPUT

2. 결과 파일:

•  맨 앞 첫 번째 열은 해당 행의 number 이다.

=> 결과는 header 없이 96 라인이 만들어진다.

 

코드 설명

import os

#data load
f = open("./MCP_hight1000_CVC100.txt")
f = f.readlines()

for i in range(0,len(f)):
	f[i] = f[i].replace("\n","")
	f[i] = f[i].split('\t')

f2 = open("./a.txt")
f2 = f2.readlines()

for i in range(0,len(f2)):
	f2[i] = f2[i].replace("\n","")
	f2[i] = f2[i].split('\t')

idx = {}
for i in f2:
	field_id, field_rs = line.split('\t')
	idx[field_id] = field name

idx = dict(map(str.split,f2))

for file in os.listdir("/mydir"):
	if file.endswith(".txt"):
		print(os.path.join("/mydir", file))

def all_indices(value, qlist):
	indices = []
	idx = -1
	
idx = f[1][0].find("_")
f[1][0][:idx]

#make a list for output

flist = []

for i in range(0,len(f2)):
	for j in range(0,len(f)):
		idx = f[j][0].find("_")
		# check field value with _
		if f[j][0][:idx] == f2[i][1] and f2[i][6] != '':
		#compared value_  and  a.txt, 7th field in a.txt 
			flist.append(f"{f2[i][1]}\t{f2[i][6]}\t{f2[i][7]}")

output = open("./outputEX3.txt", mode = 'w')

#string to output file on a new line every time
for i in flist:
	output.write(i+"\n")

output.close()

#import time
#start = time.time()
#print("time: " , time.time() - start)