hg19 fasta 파일에서 chrosome X 와 chrosome Y PAR region sequence 정보만을 추출 해보겠습니다.
command
bedtools getfasta [OPTIONS] -fi <input FASTA> -bed <BED/GFF/VCF>
bedtools getfasta를 사용하면 쉽게 가능.
준비물
1. input fasta 파일
2. 영역이 지정된 bed 파일 (target bed)
fasta 파일은 hg19 reference genome sequences 가 담긴 fasta 파일이고
bed 파일은 chr, start position, end position, gene 으로 구성된 bed 파일 입니다.
아래 command 로 실행
결과파일 -> result.fasta 는 아래 처럼 bed 파일의 region 별로 fasta sequence 정보가 추출됩니다.
https://bedtools.readthedocs.io/en/latest/content/tools/getfasta.html
getfasta — bedtools 2.30.0 documentation
getfasta bedtools getfasta extracts sequences from a FASTA file for each of the intervals defined in a BED/GFF/VCF file. Tip 1. The headers in the input FASTA file must exactly match the chromosome column in the BED file. 2. You can use the UNIX fold comma
bedtools.readthedocs.io
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