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Rosalind - Finding a Motif in DNA 문제 설명: "DNA sequence motifs are short, recurring patterns in DNA that are presumed to have a biological function" Motif 란 생물학적으로 중요한 기능을 뉴클리오티드나 아미노산 패턴을 의미 합니다. 이러한 서열 패턴을 분석 함으로써 두 종간의 생물학적 비교를 할 수 도 있고, 제한효소나 전사인자의 binding sites 를 알아 낼 수도 있습니다. 코드: ### Finding a Motif in DNA s = "GATATATGCATATACTT" t = "ATAT" def findMotif(s,t): start=0 while True: start = s.find(t,start) if start == -1: retu.. 2023. 10. 15.
Rosalind - Translating RNA into Protein 문제 설명:DNA는 복제되어서 RNA로 전사(transcription)된 후,번역(translocation)을 통해 단백질로 됩니다.이때 염기서열에 대응하는 아미노산을 합하여 단백질을 생성합니다. 염기 4개 중에 3개의 염기가 모인것을 코돈(codon) 이라 하는데, 4개의 염기종류가 3개씩 모이므로 4x4x4=64,즉 64개의 코돈이 있고, 64개의 코돈들이 20개의 아미노산으로 encoding 됩니다. 진핵생물의 경우,항상 5-AUG(met) 으로 시작하고 start codon 이 첫 아미노산으로 정해서 reading 하게 됩니다.이후 stop codon UAG, UGA, UAA 에서 종결 됩니다. 코드:s = "AUGGCCAUGGCGCCCAGAACUGAGAUCAAUAGUACCCGUAUUAACGGGU.. 2023. 9. 30.
Rosalind - Mendel's First Law 문제 설명: 멘델의 법칙 1.우열의 원리 2.분리의 법칙 3.독립의 법칙 dominant phenotype 의 확률을 구해줘야 하는데 recessive homo 가 나올 확률을 구하고 전체에서 빼줍니다. 주어진 문제에 따라 전체 샘플의 갯수는 6개 (AA,Aa) aa 확률 = (2/6 x 1/5) x 1/4 (hetero/total * hetero/total-1) x (aa가 4개 genotype 중 하나 (AA,Aa,Aa,aa)) (Aa,Aa) aa 확률 = (2/6 x 2/5) x 2 x 1/2 (recessive homo/total) x (hetero/total-1) x 2 x (aa가 4개 genotype 중 하나 (AA,Aa,Aa,aa)) (aa,aa) aa 확률 = 2/6 x 1/5 (rece.. 2023. 9. 30.
Rosalind - Counting Point Mutations 문제 설명: 점돌연변이(point mutation) 은 DNA 와 RNA 의 염기서얼에서 염기쌍 하나가 바뀌거나(치환), 더해지거나(삽입), 사라져서(결실) 발생하는 돌연변이를 의미 합니다. 이는 결국 단백질의 생산과 기능에 영향을 미치게 되는데, 경우에 따라 무해 할 수 도 있고, 치명적일 수도 있습니다. 돌연변이 기능적 분류 침묵 돌연변이 (silent mutation) 넌센스 돌연변이 (nonsense mutation) 미스센스 돌연변이 (missense mutation) 코드: def findhamming(s,t): dist = 0 for i in range(0, len(s)): if s[i]!=t[i]: dist+=1 return dist s = 'GAGCCTACTAACGGGAT' t = 'CA.. 2023. 9. 23.
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