linux8 VCF 파일에서 missing allele 분석하는 방법 (bcftools) VCF 파일에서 missing allele 분석하는 방법 이번에는 Bash 스크립트로 VCF 파일에서 missing allele 분석하는 방법을 알아보겠습니다. bcftools 를 활용하면 쉽게 확인 할 수 있습니다. bash 스크립트를 활용해서 각 샘플에서 missing allele (. 또는 ./.)의 비율을 계산합니다.#!/bin/bash# VCF 파일 경로VCF_FILE="path/to/your/file.vcf"# 중간결과값 저장용으로 temp 파일 만들기TEMP_FILE=$(mktemp)# FORMAT 과 sample columns 추출bcftools query -f '[%SAMPLE\t%GT\n]' $VCF_FILE > $TEMP_FILE# missing allele counts and t.. 2024. 7. 14. VCF 파일로 할 수 있는 분석 방법 (feat bcftools, snpEff) bcftoolssnpEff 1. 변이 요약 정보 얻기bcftools stats 명령어를 사용하여 VCF 파일의 변이 정보를 요약할 수 있습니다.bcftools stats input.vcf > stats.txt 2. 특정 변이 타입 필터링bcftools view 명령어를 사용하여 특정 변이 유형(SNP, indel)을 필터링할 수 있습니다.# SNP만 추출bcftools view -v snps input.vcf -o snps_only.vcf# indel만 추출bcftools view -v indels input.vcf -o indels_only.vcf 3. 주석 추가bcftools annotate 명령어를 사용하여 변이에 주석을 추가할 수 있습니다.# 주석 파일(annotation.vcf)에서 주석 추가.. 2024. 7. 12. bcftools 자주 쓰이는 명령어 bcftools command 1. bcftools viewVCF/BCF 파일을 필터링하거나 서브셋을 추출할 때 사용됩니다.# 특정 크롬소롬과 범위를 지정하여 필터링bcftools view -r chr1:1000000-2000000 input.vcf# 특정 샘플만 추출bcftools view -s sample1,sample2 input.vcf# 품질 기준으로 필터링bcftools view -i 'QUAL>20' input.vcf 2. bcftools filterVCF 파일에서 변이 필터링을 수행합니다.# 품질 점수가 20보다 낮은 변이를 필터링bcftools filter -e 'QUAL 3. bcftools mpileupbam 파일에서 다형성 호출을 위한 데이터 생성에 사용됩니다.# bam 파일에서 mp.. 2024. 7. 12. [Terminal 꾸미기] 재미있는 리눅스 명령어 cowsay fortune cowsay cowsay는 입력한 텍스트를 ASCII 아트로 된 소가 말하는 것처럼 출력해주는 재미있는 리눅스 명령어입니다.이 명령어는 주로 터미널에서 재미있는 메시지를 표시하거나,다른 명령어와 결합하여 더욱 재미있는 출력을 만드는 데 사용됩니다. Debian/Ubuntu 계열:sudo apt-get install cowsay Red Hat/CentOS 계열:sudo yum install cowsay 사용 예시기본적인 사용법은 아주 간단합니다. cowsay 뒤에 원하는 메시지를 입력하면 됩니다. cowsay "Hello, Linux!" 출력 예시: _______________ --------------- \ ^__^ \ (oo)\_______ (__).. 2024. 7. 12. 이전 1 2 다음 반응형
